MEEPから出力されたhdf5ファイルをParaviewで見る

FDTD法電磁界シミュレータMEEPでは、出力ファイルがhdf5形式で作成されます。サンプルにはpngに切り出して画像化する方法があるのですが、どうにも煩雑で見づらいということで、最近覚えたParaviewで見られないか調べてみました。

hdf5ファイルを見る方法自体はいくつか見つかって、例えば以下のページで紹介されていました。

http://bigvalley.hatenablog.com/entry/2015/11/19/115306

ただ、今回扱うファイルは、自由形状のメッシュというよりは規則的にデータ点が並んでいるStructured Gridにあたるので、どうやってポイントの座標を表現するのか悩んでいたところ、キーワードは「TopologyType="3DCORECTMesh"」と「GeometryType="ORIGIN_DXDYDZ"」ということが分かりました。

結局、以下のコード例のようにしてxmfファイルを用意したところ、無事に読み込みができてめでたしめでたし。

コード例：


参考ページ：
http://www.xdmf.org/index.php/Write_Xdmf
http://www.xdmf.org/index.php/Examples/imagedata

でも、x座標とz座標が入れ替わっているような気がします。「ItemType="Coordinate"」とか使えば訂正できるだろうか？

(10月15日追記：結構根が深そうな話です。
http://public.kitware.com/pipermail/paraview/2014-September/032267.html
とりあえず、xdmfの記述で「Spacing」を0.1 0.1 -0.1などにすれば、本来のxyz座標→表示上のzy(-x)座標として、プロットすることは出来そうです。ただ、Clipをとったりするとやはり挙動はおかしいです）

10月10日21時50分
fartrip